Arquivos .db e Java

Possivelmente sim, mas vai depender de qual banco são esses arquivos .db . Podem ser SQLite, por exemplo. Nesse caso, sua aplicação precisaria se conectar ao SQLite e usar SQL pra fazer as consultas.

Abraço.

ele e em mysql então teria que usar o jdbc e indicar o arquivo para ele e fazer as coisas atravez dele? precisava de um modo que n usase um servidor

Se você está falando do servidor MySQL, sim, precisa dele instalado e iniciado. Não tem como acessar os dados do arquivo diretamente, é preciso que o servidor do MySQL faça a comunicação.

Abraço.