Como eu gero o war e onde coloco dentro do diretório do tomcat?

No Eclipse, em seu projeto web vá em "Export>war file". Ou usando um build do ANT.

Respondendo a outra metade da pergunta, depois de gerar o war como o Roger75 falou, você deve entrar no administrador do tomcat, ir no gerenciador de aplicativos e no final da página haverá um form para você fazer um deploy de um arquivo war, é só apontar o war gerado que o resto o tomcat faz.

Em alguns casos você pode jogar o arquivo .war direto na pasta /webapps dentro da pasta do Tomcat.