Como formatar uma String de salário

Galera, estou com um trabalho de faculdade que tenho que ler uma linha de um arquivo, as informações do arquivo estão juntas, ou seja, linha 1 = NOME DE UMA PESSOADATA DE NASCIMENTOSALARIO.
Isso mesmo, nome, data e salário estão juntos. Já separei o nome em uma variável, data em outra e salário também, mas agora preciso formatar esse salário, exemplo, String salario = “00349629”; preciso que esse salário seja assim > 3.496,00. Outro exemplo, salario = “96874565”; tem que ficar assim 968.745,65.
Já tentei NumberFormat, DecimalFormat mas não sei muito bem como usá-los.
Vlw!