Desvantagens no uso de Java e Desvantagens no uso de .Net

Bom, é difícil ter respostas imparciais num fórum de Java. Mas vamos lá:

Java:
VANTAGENS

1. Mais madura;
2. Grande número de frameworks públicas e gratuitas (o que pode intimidar);
3. Multi-plataforma;
4. Possui a tecnologia dos Java Applets e Mobilidade;

DESVANTAGENS:

1. Pouca integração com o sistema operacional;
2. É difícil criar código não gerenciado pela VM;

.Net
VANTAGENS

1. O número de soluções pode ser menor, mas são garantidos por um único fabricante e se integram de maneira transparente;
2. Várias linguagens podem ser usadas no desenvolvimento;
3. O .Net framework é distribuído em conjunto com o SO;
4. Integração com COM, COM+, DCOM, além da recente tecnologia Silverlight;

DESVANTAGENS

1. Número muito menor de soluções públicas e gratuitas;
2. Mudanças de versão na plataforma tem causado dores de cabeça por falta de compatibilidade;
3. Pouco código aberto;

Agora você pesa aí o que disso é importante para o caso de vocês.

Bondade sua. Falta de compatibilidade seria um apelido. É uma grande B***A. Toda vez que muda de versão, o pessoal com quem trabalho e usa .NET fica preocupado.

Mono?

Sinceramente, acho que a escolha deve se basear menos na linguagem e mais no aspecto operacional dos serviços que queres criar e, principalmente, manter no ar.

Qual a solução para gerenciamento (publicação, versionamento, monitoração, etc) dos serviços pensas em usar ? Não pensaste ainda ? Então comece. Se deixares para o fim corres o risco de ter surpresas desagradáveis…

Lembre-se que SOA é mais do que apenas criar um bando de WebServices, algo que, hoje em dia, podes fazer usando não só java e .net, mas outras tecnologias, como PHP, Python, C/C++, etc. De fato, um dos motivadores de se usar SOA é justamente poder fazer componentes com implementações díspares conversar entre si.

Mono?
Agora que o Mono implementa uma grande parte do .NET 2.0, está bem mais interessante.

Outra desvantagem ao usar .NET, é se você quiser usar o Visual Studio que é a melhor IDE para desenvolvimento do .NET, você terá que pagar por ela.

Mono?

O mono é aberto, mas não é oficialmente suportado pela MS.
Por isso, está sempre atrasado em relação as versões oficiais do .Net framework.

Alguem aqui usa o Mono?

Mono?
Agora que o Mono implementa uma grande parte do .NET 2.0, está bem mais interessante.

Outra desvantagem ao usar .NET, é se você quiser usar o Visual Studio que é a melhor IDE para desenvolvimento do .NET, você terá que pagar por ela.
Acabei de olhar no site do mono, e já tem até algumas features do .NET 3 implementadas no mono 1.9