Olá,
Com base em alguns algoritmos aqui do fórum (em especial alguns postados pelo thingol para cálculo de hash de arquivos), criei um programa que encontra arquivos duplicados no computador. Para baixar clique aqui.
EDIT (14/03/10):
Versão 0.1.0:
:arrow: Suporte a filtros (mais sugestões para filtros padrão?)
:arrow: Melhoria significativa de performance
EDIT (13/03/10):
Versão 0.0.5:
:arrow: Suporte a propriedades
:arrow: Modo debug melhorado (com opção para ativar/desativar via GUI)
EDIT (08/03/10):
Versão 0.0.4:
:arrow: Sistema de log (o programa cria um arquivo na pasta pessoal onde pode ser definido se ele rodará em modo debug ou não; o log será feito na saída padrão e em um arquivo na pasta temporária; aviso: se o modo debug estiver ativado o arquivo de log gerado pode ser extremamente grande!)
EDIT (07/03/10):
Versão 0.0.3:
:arrow: Problema de internacionalização corrigido (veja o problema número 1 no site)
:arrow: Suporte a look and feels (até agora Metal, Nimbus e o do sistema)
:arrow: Internacionalização do conteúdo de ajuda
EDIT (05/03/10):
Versão 0.0.2:
:arrow: Suporte a internacionalização (até agora está em português e em inglês)
:arrow: Mudança de gerenciador de leiaute para o MigLayout
:arrow: Correção de alguns bugs em potencial
:arrow: Refatoração no código
Até o momento, o programa:
:arrow: Suporta múltiplos diretórios
:arrow: Usa um algoritmo que leva em conta o tamanho do arquivo, o seu conteúdo (lê os primeiros bytes) e calcula seus respectivos hashs
:arrow: Informações detalhadas sobre as duplicatas
:arrow: É possível, através da interface do programa abrir o arquivo, abrir a pasta onde ele está ou apagá-lo
Execute-o e fique impressionado com a quantidade de arquivos duplicados que há no seu computador. 
A página do projeto é: http://code.google.com/p/duplicatedetector/
Link direto para download do executável: http://duplicatedetector.googlecode.com/files/duplicatedetector-0.1.0.zip
O projeto está licenciado sob GNU GPL 3, é versionado sob SVN e usa o Maven para controlar diferentes distribuições/versões. Quem tiver sugestões, elogios, reclamações, reportar bugs… o que for: por favor, postem aqui. Quem quiser também pode me mandar um patch para alguma nova função ou para a correção de um bug.
Espero feedback!
Obrigado pessoal.
