Bom, vamos lá.
O Artigo foi criado para que eu não escrevesse a mesma coisa pela 183823823a vez quando alguém fala que usa BOs e VOs. A alternativa para ele está linkado nas referências e se chama Desenvolvendo Sistemas OO Com Padrões de Negócio. É um artigo da Mundo Java, em breve terei um artigo com o mesmo tema, mais aprofundado.
Modelo Anêmico(BO+TO) ou Domain Model é uma questão de modelagemd e software, que pouco tem a ver comt ecnologia (EJB, Hibernate, Servlets, etc.). Eu posso ter ambos com qualquer tecnologia, é apenas filosofia de design de software.
EJBs (<3.0) quase nunca devem ser usados. Existem poucas demandas que uma aplicação pdoe ter (alta concorrência, distribuição, transações distribuídas) que justifiquem seu uso, e mesmo assim com parcimônia. Criar um EJB apra cada classe de engócio é impensável. Mesmo neste cenário, como dito acima, pode-se escolher entre vários modelos, anêmicos ou não.
DTO em si, como o artigo cita, é útil em seud evido lugar, trocando dados onde é custoso. Chamadas de rede, serialização, etc. Dentrod e uma mesma JVM seu uso é altamente excepcional, geralmente quando você precisa de grandes bandos de dados (relatórios, por exemplo) e não de objetos de negócio.
Eu tentei responder os pontos que vi espalhados pelo tópico, se alguém puder condensar as dúvidas restantes em um post só nós continuamos 