Ola Akelecara, assim como esta fazendo não ira funcionar, primeiro porque no arquivo XSD disponibilizado para download contém um targetNamespace com um path errado, se tentar localizar o XSD em:
http://www.sistema.com.br/Nfse/arquivos/nfse_3.xsd
não ira encontrar, por isso uma das opções do seu erro é: ‘Não foi possivel encontrar o documento’.
O modo de resolver é editando o arquivo em targetNamespace e xmlns informando onde esta o arquivo, ex:
<xsd:schema xmlns:dsig="http://www.w3.org/2000/09/xmldsig#" xmlns="nfse_3.xsd" attributeFormDefault="unqualified" elementFormDefault="qualified" targetNamespace="nfse_3.xsd" xmlns:xsd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema">
Como você que você esta executando o comando de dentro da pasta bin do java então basta informar direto o nome do arquivo, caso fosse em outra pasta seria o caminho relativo.
mas ainda é necessário outro arquivo para funcionar devido a forma como foi feito o XSD, é um arquivo de biding do JAXB, segue um modelo abaixo, apenas copie e cole junto com este.
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<bindings xmlns="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb"
xmlns:xsd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"
xmlns:xjc="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb/xjc"
version="2.1">
<globalBindings>
<xjc:simple />
</globalBindings>
</bindings>
por último crie uma pasta ai dentro da bin que servira para armazenar files gerados ex nome da pasta: teste
agora só executar o comando, precisa informar nele os parâmetros para ler o file de biding e ignorar umas validações, segue:
C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_66\bin>xjc -p teste nfse_3.xsd -b xsd.xjb -disableXmlSecurity -extension