Hibernate

Precisa incluir o jar do jandex para resolver.
Está usando maven/gradle ou faz o gerenciamento das bibliotecas na mão mesmo?

Para o uso do Hibernate hoje em dia você tem que ter 3 bibliotecas no seu projeto, a do Hibernate(uso Hibernatex(JPA2.1), Driver JDBC do MySQL e Jandex(uso 2.0.4, mas já saiu a 2.0.5).

Jandex 2.0.5, clica aqui e depois em bundle que faz o download.

Ja fiz isso e da este erro

log4j:WARN No appenders could be found for logger (org.jboss.logging).
log4j:WARN Please initialize the log4j system properly.
SLF4J: Class path contains multiple SLF4J bindings.
SLF4J: Found binding in [jar:file:/C:/Users/USER/AppData/Roaming/NetBeans/8.2/modules/ext/slf4j-log4j12-1.5.8.jar!/org/slf4j/impl/StaticLoggerBinder.class]
SLF4J: Found binding in [jar:file:/C:/Program%20Files/NetBeans%208.2/java/modules/ext/hibernate4/slf4j-simple-1.6.1.jar!/org/slf4j/impl/StaticLoggerBinder.class]
SLF4J: See http://www.slf4j.org/codes.html#multiple_bindings for an explanation.

De novo eu pergunto, está gerenciando na mão ou com maven/gradle?

Maven/gradie

A mensagem que você recebe quando adiciona o jandex é conflito no sl4j.
Uma possível solução é utilizar o exclude e indicar que você quer o jandex, mas sem o sl4j.

ok, vou tentar