Java CRUD com hibernate

Não se prenda muito a isso, cada equipe trabalha de uma forma. Se quer aprender essa ferramenta, então faça as operações diretamente com ela (que seria por esse entitymanager) sem abstrações em cima de algo que já é uma abstração. Isso vai te ajudar a fixar sobre o uso da ferramenta. Já no mercado, acontece de ter abstração da abstração, que os mais técnicos gostam, mas você dominando a ferramenta o resto é se adaptar a forma de trabalho da equipe.

Vou nessa mesma linha do @javaflex, não se prenda muito a estes detalhes. Se preocupe em entender a especificação. A partir daí o “como fazer” surge naturalmente. Além do mais, dependendo da stack que vc usar, pode-se existir abstrações que facilitem esse trabalho da JPA, como é o caso do Spring Data. Particularmente, acho as funcionalidades básicas de de CRUD boilerplate. Logo, gosto de ter um repositório genérico implementando as funções básicas e somente especializo os demais repositórios com operações específicas.

Enfim, se prenda em entender como a especificação funciona. A implementação surgirá de forma natural posteriormente.