Boa tarde!
Bom, em primeiro lugar, tomem cuidado com certas colocações que são ditas aqui. Se não tem um profundo conhecimento, cuidado em afirmar coisas.
O JavaFX já é sim algo consolidado pela Oracle, visto que a próxima versão do Java ( 8 ) está colocando quase que totalmente o JavaFX como a “substituição do Swing”, por ter recursos gráficos avançados e manutenibilidade de código eficaz. Tanto que o JavaFX terá sua versão 8 (para acompanhar a nova versão do JDK), onde terá acesso a códigos avançados como lambdas e etc…
Eu aconselho muito o JavaFX, confesso que conheço muito pouco do Flex para afirmar algo, mas pelo que conheço de JavaFX (caso não saiba, tenho livro pela Casa do Código e dois artigos na revista MundoJ, apenas para conhecimento, não é para me gabar não, ok?
).
Mas vai depender muito da amplitude do projeto. Lembrando que hoje ainda o JavaFX é disponibilizado para aplicações Desktop, Web só é possível por JWS, e mobile a Oracle está se esforçando para criar essa disponibilização, já há alguns projetos para iOS.
Bom, é isso!
Até mais! 