Poisé é cara, como o Musashi falou, há vários conceitos relacionados a desenvolvimento WEB que você precisa conhecer antes. Eu aconselharia, tentar entender alguns conceitos fundamentais relacionados a desenvolvimento WEB antes ou pelo menos junto com coisas específicas relacionadas a tecnologia como JSP, frameworks Web, etc.
Apesar de eu não programar em Java, posso dar alguns conselhos sobre conceitos que são inerentes a qualquer desenvolvimento Web.
Recomendo ler/adquirir alguma noção do protocolo Http, conceitos como request, response, httpverbs (post,get) para começar.
É preciso ter em mente que na web a programação é stateless e você trabalha com client-side (geralmente javascript no browser) e server-side (ruby,java,.net,php, etc).
Especificamente sobre sua pergunta, em linhas gerais o teu javascript na verdade vai fazer uma chamada ajax ao server-side. Essa parte servidor pode ser uma action, um web service, etc. Esse seu método no servidor sim poderia se comunicar com o banco de dados (Não recomendo conversar diretamente, é melhor criar uma outra camada específica que converse com o banco).
Há muitos conceitos/tecnologias que você terá que ter no mínimo uma noção. A jornada é longa =]. Cito como exemplos.
Html, CSS, Javascript (clássico, jquery, json, etc), MVC (esse serve não só para web =]), REST, fora as tecnologias relacionadas especificamente com a sua linguagem ex. Frameworks Web(Struts, Rails).
Espero ter ajudado.
Abs!