3 dias depois, consegui encontrar o que estava zicando a inserção.
A inserção do objeto estava funcionando normalmente, via log de debug dos sqls executados percebi que apos a execução do metodo create() do EJB 2, ele proprio tentava buscar o registro inserido, e ai ocorria o problema para buscar os outros ejbs que faziam o relacionamento com o EJB inserido.
Identifiquei isso pelo log:
TransactionRolledbackLocalException in method: null, causedBy:
javax.ejb.EJBException: Data contains multiple values, but this cmr field is single valued: [2852, 6718, 6844, 8907, 11115, 14030, 15842, 17106, 17994, 19047, 23849, 24788, 26646, 26647, 29932, 30576, 31789, 35226, 37863, 38209, 38760, 40105]
Verificando os relacionamentos existentes encontrei um erro:
<ejb-relation>
<description>PARENT-could-have-several-CHILDRENS</description>
<ejb-relation-name>PARENT-CHILDRENS</ejb-relation-name>
<ejb-relationship-role>
<ejb-relationship-role-name>PARENT-could-have-several-CHILDRENS</ejb-relationship-role-name>
<multiplicity>One</multiplicity>
<relationship-role-source>
<ejb-name>PARENT</ejb-name>
</relationship-role-source>
</ejb-relationship-role>
<ejb-relationship-role>
<ejb-relationship-role-name>CHILDRENS-has-one-PARENT</ejb-relationship-role-name>
<multiplicity>Many</multiplicity>
<!-- AQUI ERA O ERRO, pois antes estava One <multiplicity>One</multiplicity> -->
<relationship-role-source>
<ejb-name>CHILDRENS</ejb-name>
</relationship-role-source>
<cmr-field>
<cmr-field-name>PARENT</cmr-field-name>
</cmr-field>
</ejb-relationship-role>
</ejb-relation>
Obrigado a todos pela ajuda =D.