JDBC + NetBeans

• Para adicionar biblioteca:
  
  1- Em propriedades>Biblioteca vc estará adicionando a biblioteca, seja ela .jar ou .zip;
  
  2- Direto, da nenhuma diferença;
  

• Para configurar Biblioteca/Banco:
  
  3- Em ferramentas> Biblioteca vc estará montando uma biblioteca, bastante útil quando vc possui vários .jar e quer junta-los em um único pacote. Essa biblioteca n sera adicionado na sua aplicação, porem poderá ser selecionado ao usar uma das opções de inclusão de biblioteca;
  
  4- Services> BD não adicionará nenhuma biblioteca a aplicação, isso serve para se comunicar com o banco. Pode-se também alterar tabelas e registros do banco. muito útil para testar comunicação com o driver que vc quer adicionar a aplicação usando um dos primeiros métodos;
  

Devo estar esquecendo de alguma coisa, mas e mais ou menos isso.

Existe uma diferença entre adicionar pelas propriedades do projeto e direto em bibliotecas. O netbeans usa uma barra diferente como separador de pasta no caminho da lib.