O fato das duas formas funcionarem não significa que sejam a mesma coisa(longe disso!).Na primeira forma vc deixa a como limpa de itens, na segunda, o estado do modelo.Imagine que por padrão, vc tenha personalizado o seu modelo(da sua JComboBox), e quando instanciada, vc traz 1000 itens da Base de dados.Muitas vezes, vc não utilizará o DefaultComboBoxModel, tendo que personalizar um próprio(ou adicionar dados ao próprio DefaultComboBoxModel antes), logo, esse seu setModel será inócuo para essa finalidade.Não esqueça que para limpar a combo, vc pode até reinstanciá-la(dar um combo = new JComboBox(); , bem porco por sinal) que funcionaria.
Quando na API tiver um método para tal finalidade, confie na API.