Vamos lá.
Não sei sobre tua experiência profissional ou em projetos maiores que os pessoais.
Para exemplificar, vou falar do meu mundo, na atualidade.
Eu desenvolvo SOA, mas, eventualmente, fico responsável por desenvolver regras utilizando Drools em aplicações JEE que são projetos maven.
Eu baixo os projetos no meu note, subo o ambiente, desenvolvo/altero o que é preciso, crio/altero os junits e gero as evidências.
Feito isso, comito as alterações no SVN, para que o responsável aplique no ambiente adequado(testes ou homologação).
Esta aplicação, nada mais é, que pegar o projeto (artefato, na linguagem do maven) e criar um .ear, que será “deployado” no application server (weblogic).
Aí é que entra o plugin do maven no pom.xml.
Nem sempre você vai compilar e gerar o .jar ou .war ou .ear direto no teu computador/note. No nosso caso, um sistema de gestão é quem compila o projeto e o disponibiliza no ambiente (parecido com o que o jenkins faz, mas não é o jenkins). Este processo é automatizado, quase um devops (mas não é devops, muita coisa ainda é manual).
Então, detalhes à parte, a razão pela qual se define o(s) artefato(s) no pom.xml é a necessidade que se tem de compilar o mesmo sem que você esteja no eclipse.