O Atom é melhor, se puder pegar um com Atom, pegue.
A principal diferença é com relação ao suporte da própria Intel, os processadores Celeron ULV foram descontinuados, já os Atom estão a todo vapor e cada vez mais distribuições Linux são lançadas especificamente para ele, um exemplo é o Moblin, que dizem estar muito bom.
Um modelo em especial que recomendo é o EEEPC 1000HE, ele é importado, mas as vantagens compensam isso, a bateria dura de 8 a 9 horas (comprovado, um amigo meu tem esse modelo) e o processador é o Atom N280, a versão melhorada dos Atoms que estão no mercado brasileiro, o preço deste netbook no mercado americano está por volta dos 365 doláres, se você conseguir alguem que importe para você, essa fica sendo a recomendação que tenho para você.
Se não houver a possibilidade de trabalhar com importação, prefira o Positivo Mobo White 1050, ele ninguém menos do que o famoso MSI Wind, que a Positivo está revendendo aqui no Brasil, procure por Reviews do Wind e você verá que não vai se arrepender da compra, e o teclado ABNT2 faz uma grande diferença nele.
Essas são as minhas recomendações, espero ter ajudado!!!