Cara estamos dando uma olhada aqui na empresa onde trabalho, e o problema do Phonegap é que ele precisa rodar sobre o ambiente de desenvolvimento da plataforma alvo. Isso significa dizer que se você quiser desenvolver para IPad, você deverá ter o X-Code (SDK e tudo mais) instalado em um Mac (ou algo que o valha), caso você queira desenvolver para Android, deverá ter o Eclise com o SDK Android instalado na máquina também.
Assim, é muito interessante quando existe uma equipe de desenvolvedores que trabalham com HTML + CSS + JS (o Phonegap só entende isso, o que ele faz é converter para o código nativo da plataforma alvo), sendo que o tempo para preparar todo mundo em Android, por exemplo, não compensa a espera.
Outra coisa é que deixando de lado o desenvolvimento nativo, você pode encontrar projetos que precisam “descer no porão” do dispositivo para realizar coisas que o Phonegap ainda não suporta, visto que é uma abstração da linguagem nativa da plataforma alvo (e nem tudo é suportado).
Existem boas coisas até, mas escrever regra de negócio em JS e ter que instalar várias ambientes de desenvolvimento (se o objeto é atender a várias plataformas) é uma das coisas que me desanima em relação a adoção do Framework.
Espero ter ajudado 