Bem eu aprendi a gostar de RegEx, principalmente na versão 3 do CajuScript onde o parse passou a ser feito com RegEx, e tive que fazer varias RegEx para conseguir atingir o objetivo de ter um parser dinâmico usando RegEx.
Thingol, quanto ao problema de contar parênteses, no CajuScript fiz uma RegEx para pegar apenas o grupo simples de parenteses, e depois com um método recursivo vou pegando e substituindo os grupos e validando o que esta dentro de cada grupo e subgrupo de parenteses.
Só quero dizer com isto, que RegEx é uma mão na roda, e claro que não devemos usar RegEx pra tudo, e RegEx não faz tudo, como os problemas que o Thingol citou, mas é uma questão de fazer uma boa combinação de Programação + RegEx.
Eu antigamente também tinha uma má impressão de RegEx, principalmente no aspecto, mas depois que meti a cara ficou muito clara, e acho até intuitiva dentro do possível.
É tudo uma questão de hábito, e hoje em dia para ser um bom programador acho que é essencial dominar RegEx, é preciso colocar a preguiça e preconceito de lado e dedicar um tempo para estudar a fundo, e depois pode-se dar opiniões mais consistentes.
Muitas das opiniões aqui, especialmente as opiniões negativas, parecem ser na maioria de pessoas que ainda não estudaram RegEx, por isso friso isto, estudem, tentem compreender, e depois opinem melhor. Que só a primeira vista, é fácil opinar negativamente.