Olá, cleiflavio.
Após você compilar o seu iReport e gerar o seu .jasper (inicialmente, seu arquivo do iReport é um .jrxml) você coloca ele em um diretório conhecido. Após fazer isto, pode chamá-lo, por exemplo, em um servlet. Imagine-se dentro de um doPost(request, response), coloquei o código que viria dentro deste método abaixo:
final String realPath = this.getServletContext().getRealPath( "/WEB-INF/relatorios/RelatorioX.jasper" ).replace("/", File.separator);
String parametro01 = "teste";
Map param = new HashMap();
param.put( "paramTeste", parametro01);
final byte[] saida = JasperRunManager.runReportToPdf( realPath, param, new JRBeanCollectionDataSource( x ) );
response.setContentType( "application/pdf" );
response.getOutputStream().write( saida );
Então, o ‘vínculo’ que você define, ocorre na chamada do runReport que, no exemplo acima é um runReportToPdf…
Veja mais sobre os métodos disponíveis do iReport aqui:
http://jasperreports.sourceforge.net/api/net/sf/jasperreports/engine/JasperManager.html
P.S. Dê uma pesquisada em todas as libs que você deve colocar em seu projeto, ou nada funcionará legal.
Espero ter ajudado,
Att