Bom dia.
O ideal é você usar outro computador que seja dedicado apenas a isso, mas para a explicação vou levar em consideração que você não possui esse outro computador.
A maneira mais simples é você configurar outro Glassfish(não necessariamente vai precisar “instalar”), para isso você precisa baixar http://download.java.net/glassfish/3.1.2.2/release/glassfish-3.1.2.2.zip e descompactar esse arquivo na pasta de sua preferencia.
Depois abra o arquivo “domain.xml” que esta no caminho [Pasta onde você descompactou]\glassfish\domains\domain1\config
Substitua onde encontrar “8080” para “80” e “4848” para “48” para não ter conflito com o Glassfish que já tem na sua maquina.
Para iniciar ou parar o Glassfish você pode usar os comandos abaixo respectivamente no pronpt de comando(CMD):
[Pasta onde você descompactou]\glassfish\bin\asadmin start-domain domain1
[Pasta onde você descompactou]\glassfish\bin\asadmin stop-domain domain1
E o arquivo War deve ser colocado na pasta:
[Pasta onde você descompactou]\glassfish\domains\domain1\autodeploy
Agora em relação ao porque quando você fecha o netbeans ele para o Glassfish, é porque quem está fazendo o start do Glassfish que já tem na sua maquina é o Netbeans, quando você fecha o netbeans ele para o Glassfish pois na teoria ele não será mais utilizado.
Existe também outra formas de fazer isso, melhor mas mais complexa, ou também você poderia fazer o start do Glassfish que já tem na sua maquina na mão e não deixar o Netbeans gerenciar, mas poderia nesse processo você se perder e ia cair no mesmo problema que você postou
