@aix as 2 soluções que você postou funcionaram perfeitamente. Fiz o teste com as duas.
Mas acabou que descobrir como gerar os stubs da maneira que eu fiz anteriormente usando o wsdl2java.bat.
Pra quem precisar ai vai a solução( Vou tentar explicar da forma que entendo, pois não domino os conceitos de webservice até o momento ):
1 - O wsdl da prefeitura de contagem possui 2 port name.
<wsdl:port name=“basic_INFSEConsultas” binding=“tns:basic_INFSEConsultas”>
<soap:address location=“http://teste.contagem.mg.gov.br/NFSEWSTESTE/Services.svc”/>
</wsdl:port>
<wsdl:port name=“basic_INFSEGeracao” binding=“tns:basic_INFSEGeracao”>
<soap:address location=“http://teste.contagem.mg.gov.br/NFSEWSTESTE/Services.svc”/>
</wsdl:port>
2 - O axis 1.5.3, que a versão que estou usando, não gera os stubs para as duas portas com o comando que eu usava anteriormente: wsdl2java.bat -o destino -uri wsdl
3 - Lendo a documentação descobri que o parametro -ap gera as os métodos para todas as portas contudo não funcionou.
4 - A solucao entao foi usar o paramentro -pn especificando a porta. O comando ficou assim
wsdl2java.bat -o destino -uri wsdl -pn basic_INFSEGeracao
Obrigado pelo ajuda de todos.