[RESOLVIDO] Renomear vários arquivos de uma vez

import java.io.File;
import java.io.IOException;

public class FileOps {


    public static void main(String[] argv) throws IOException {

        File folder = new File("\\Projects\\sample"); //Pasta do seu xml
        File[] listOfFiles = folder.listFiles();//pegando todos os arquivos que estao na pasta

        for (int i = 0; i < listOfFiles.length; i++) {

            if (listOfFiles[i].isFile()) {//Checa se é arquivo, você pode checar se tem .xml no nome

                File f = new File("c:\\Projects\\sample\\"+listOfFiles[i].getName()); 
                String nomeArquivo = f.getName();

                f.renameTo(new File("c:\\Projects\\sample\\" + nomeArquivo.substring(0, nomeArquivo.length() - 4).concat("-nfe.xml");
));
            }
        }
    }
}