[RESOLVIDO] Trocar charset do conteúdo de um arquivo recebido via upload

Para outros que possam vir a ter a mesma necessidade que eu, consegui resolver semana passada.
Basicamente unindo as threads que vocês me enviaram @darlan_machado e @jacoboliveira

Para converter o arquivo no encode que eu quero basicamente eu criei este método:

private static void encodeFileInLatinAlphabet(InputStream source, String fromEncoding, File target) throws IOException {
    try (BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(source, fromEncoding));
         BufferedWriter writer = new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(new FileOutputStream(target),
                 StandardCharsets.ISO_8859_1))) {
        char[] buffer = new char[16384];
        int read;
        while ((read = reader.read(buffer)) != -1)
            writer.write(buffer, 0, read);
    }
}

No meu caso eu sempre preciso que o arquivo fique em ISO_8859_1, então ele está fixo dentro do método, mas eu poderia também converter para qualquer encode.

E o outro problema era que no meu caso eu posso receber charsets diferentes, pois é um upload de arquivos que vários usuários utilizam, então eu precisava detectar qual é o charset que veio.

encoding = UniversalDetector.detectCharset(file.getInputStream());
if (encoding == null) {
  // throw exception
}

Estou usando essa dependência que trata a maior parte dos charsets (pelo menos os básicos que trabalhamos por aqui), caso ele não encontre eu devolvo uma exceção.

Dessa forma eu consigo pegar o charset do arquivo original e converter para o charset que eu preciso independente do arquivo.

Vlw pela ajuda.