Utilizar projetos que não são Maven em um projeto Maven

Olá senhores,
estou com um problema e irei tentar explicar para ver se alguém consegue me ajudar.
Tenho varios projetos Java na minha Workspace e nesse projetos não utilizo Maven, porem agora estou desenvolvendo uma API Rest usando Spring Boot e essa API esta utilizando Maven, como nos outro projetos tenho varias lógicas prontas importei alguns desses projetos para o projetos Maven com para que possa utilizar o que ja esta pronto(Conforme mostra a imagem).

Com isso consegui adiantar bastante o serviço porem na hora de gerar um FatJar

Esta dando muitos erros como mostra a imagem abaixo.

Estou achando que ao gera o jar o Maven não esta conseguindo enxergar o outros projetos.
Alguém já passou por isso ou tem alguma ideia de solução?

Desde já muito obrigado a todos.

Olá darlan_machado,

muito obrigado pela sua ajuda, eu fiz o que foi sugerido no link que vc passou e o .jar foi gerado porem ao executar o comando java -jar minha_aplicacao.jar esta dando um erro falando que o .class não foi encontrado

Ao criar o .jar através do Maven apareceu as seguintes mensagens

[INFO] Scanning for projects...
[WARNING] 
[WARNING] Some problems were encountered while building the effective model for com.alloc:com.alloc.pdvone.web.api:jar:0.0.1-SNAPSHOT
[WARNING] 'dependencies.dependency.(groupId:artifactId:type:classifier)' must be unique: org.springframework.boot:spring-boot-starter-web:jar -> duplicate declaration of version (?) @ line 82, column 15
[WARNING] 'dependencies.dependency.systemPath' for test:x:jar should not point at files within the project directory, ${basedir}/libs/SincronismoOne.jar will be unresolvable by dependent projects @ line 127, column 16
[WARNING] 
[WARNING] It is highly recommended to fix these problems because they threaten the stability of your build.
[WARNING] 
[WARNING] For this reason, future Maven versions might no longer support building such malformed projects.
[WARNING] 
[INFO]                                                                         
[INFO] ------------------------------------------------------------------------
[INFO] Building com.alloc.pdvone.web.api 0.0.1-SNAPSHOT
[INFO] ------------------------------------------------------------------------
[INFO] 
[INFO] --- maven-resources-plugin:2.6:resources (default-resources) @ com.alloc.pdvone.web.api ---
[INFO] Using 'UTF-8' encoding to copy filtered resources.
[INFO] Copying 1 resource
[INFO] Copying 1 resource
[INFO] 
[INFO] --- maven-compiler-plugin:3.1:compile (default-compile) @ com.alloc.pdvone.web.api ---
[INFO] Changes detected - recompiling the module!
[INFO] Compiling 102 source files to C:\PDV\WorkspaceAlloc\PDVOneDev\trunk\PDVOneWebAPI\target\classes
[INFO] 
[INFO] --- maven-resources-plugin:2.6:testResources (default-testResources) @ com.alloc.pdvone.web.api ---
[INFO] Not copying test resources
[INFO] 
[INFO] --- maven-compiler-plugin:3.1:testCompile (default-testCompile) @ com.alloc.pdvone.web.api ---
[INFO] Not compiling test sources
[INFO] 
[INFO] --- maven-surefire-plugin:2.18.1:test (default-test) @ com.alloc.pdvone.web.api ---
[INFO] Tests are skipped.
[INFO] 
[INFO] --- maven-jar-plugin:2.6:jar (default-jar) @ com.alloc.pdvone.web.api ---
[INFO] Building jar: C:\PDV\WorkspaceAlloc\PDVOneDev\trunk\PDVOneWebAPI\target\com.alloc.pdvone.web.api-0.0.1-SNAPSHOT.jar
[INFO] 
[INFO] --- spring-boot-maven-plugin:1.5.9.RELEASE:repackage (default) @ com.alloc.pdvone.web.api ---
[INFO] 
[INFO] --- maven-install-plugin:2.5.2:install (default-install) @ com.alloc.pdvone.web.api ---
[INFO] Installing C:\PDV\WorkspaceAlloc\PDVOneDev\trunk\PDVOneWebAPI\target\com.alloc.pdvone.web.api-0.0.1-SNAPSHOT.jar to C:\Users\Thiago\.m2\repository\com\alloc\com.alloc.pdvone.web.api\0.0.1-SNAPSHOT\com.alloc.pdvone.web.api-0.0.1-SNAPSHOT.jar
[INFO] Installing C:\PDV\WorkspaceAlloc\PDVOneDev\trunk\PDVOneWebAPI\pom.xml to C:\Users\Thiago\.m2\repository\com\alloc\com.alloc.pdvone.web.api\0.0.1-SNAPSHOT\com.alloc.pdvone.web.api-0.0.1-SNAPSHOT.pom
[INFO] ------------------------------------------------------------------------
[INFO] BUILD SUCCESS
[INFO] ------------------------------------------------------------------------
[INFO] Total time: 6.879 s
[INFO] Finished at: 2018-06-25T12:13:49-03:00
[INFO] Final Memory: 32M/270M
[INFO] ------------------------------------------------------------------------
[WARNING] The requested profile "pom.xml" could not be activated because it does not exist.

Porem no final acabou gerando corretamente, só que aparece o erro que esta na imagem acima.
Você tem ideia do que possa ser?
Desde ja agradeço.

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