Variáveis de ambiente do Windows

cmd /C set nomeDaVariavel = novoValor

cmd /C set nomeDaVariavel = novoValor

SETX /M nomeDaVariavel novoValor

SETX nomeDaVariavel novoValor

import java.io.BufferedReader;
import java.io.File;
import java.io.FileWriter;
import java.io.IOException;
import java.io.InputStream;
import java.io.InputStreamReader;


/**
 * Classe com métodos para executar comandos do Windows.
 *
 * @author David Buzatto
 */
public class WindowsCommandUtils {

    /**
     * Executa um comando do Windows que não está associado ao cmd.exe, ou seja,
     * qualquer executável alcançável pela configuração da variável de 
     * ambiente PATH.
     * 
     * @param command Comando a ser executado.
     * @throws IOException 
     */
    public static void runCommand( String command ) throws IOException {
        
        // executa o comando
        Process processo = Runtime.getRuntime().exec( command );

        // cria os stream gobblers, um para o stream de entrada e um para o
        // stream de erro. os gobblers vão consumir os streams do processo
        StreamGobbler sgInput = new StreamGobbler(
                processo.getInputStream(), "input" );
        StreamGobbler sgError = new StreamGobbler(
                processo.getErrorStream(), "error" );

        // cria uma thread para cada stream gobbler e as inicia
        new Thread( sgInput ).start();
        new Thread( sgError ).start();
        
    }
    
    /**
     * Executa um comando do Windows que está associado ao cmd.exe, por exemplo, 
     * o comando DIR.
     * 
     * @param command Comando a ser executado.
     * @throws IOException 
     */
    public static void runCmdCommand( String command ) throws IOException {
        
        // executa o comando do cmd.exe
        Process processo = Runtime.getRuntime().exec( "cmd /C " + command );

        // cria os stream gobblers, um para o stream de entrada e um para o
        // stream de erro. os gobblers vão consumir os streams do processo
        StreamGobbler sgInput = new StreamGobbler(
                processo.getInputStream(), "input" );
        StreamGobbler sgError = new StreamGobbler(
                processo.getErrorStream(), "error" );

        // cria uma thread para cada stream gobbler e as inicia
        new Thread( sgInput ).start();
        new Thread( sgError ).start();
        
    }

}
/**
 * Thread para consumir os streams de processos.
 * Baseada na implementação apresentada em:
 * http://www.javaworld.com/javaworld/jw-12-2000/jw-1229-traps.html?page=1
 *
 * @author David Buzatto
 */
class StreamGobbler implements Runnable {

    private InputStream is;
    private String type;
    private FileWriter fw;

    public StreamGobbler( InputStream is, String type ) {
        this.is = is;
        this.type = type;
    }

    public StreamGobbler( InputStream is, String type, File file )
            throws IOException {
        this.is = is;
        this.type = type;
        this.fw = new FileWriter( file );
    }

    @Override
    public void run() {
        try {
            InputStreamReader isr = new InputStreamReader( is );
            BufferedReader br = new BufferedReader( isr );
            String line = null;
            while ( ( line = br.readLine() ) != null ) {
                if ( fw != null ) {
                    fw.write( line + "\n" );
                } else {
                    System.out.println( type + ">" + line );
                }
            }
            if ( fw != null ) {
                fw.close();
            }
        } catch ( IOException ioe ) {
            ioe.printStackTrace();
        }
    }

}

/**
 *
 * @author David Buzatto
 */
public class Teste {
    
    public static void main( String[] args ) {
        
        try {
            WindowsCommandUtils.runCommand( "SETX /M DFPATH NOVO_VALOR_AQUI" );
        } catch ( IOException exc ) {
            exc.printStackTrace();
        }
        
    }
        
}