Bootstrap vs Joomla

Não são comparáveis… Bootstrap são componentes web, e Joomla é um CMS. Qual seria sua dúvida?

Tipo se eu teria que usar somente um ou posso estar utilizando os 2 no mesmo projeto.

Nao tenho mta experiencia com CMS. Mas se tiver usando um, acredito que muito pouco irá precisar usar o Bootstrap, pois já há muitos temas e plugins prontos para ele.

Pesquise sobre CMS e veja o que é e faça o mesmo com o Bootstrap, individualmente.

Não sei se consigo explicar direito, mas eu entendo dessa forma.
Bootstrap não é uma ferramenta para desenvolvimento web, ele é na verdade, uma parte da base dessas mesmas ferramentas.
É mais ou menos assim, é como se o bootstrap fosse uma espécie de chassi em cima do qual você vai montar um CMS.
Depois que você tiver montado o CMS, aí sim você tem uma plataforma para desenvolvimento web.
Um bootstrap é um framework para desenvolvimento de projetos web.
Você também pode usar ele independentemente, sem nenhum CMS, desenvolvendo todo o conteúdo na mão.
Eu uso Joomla! há muito tempo. Se precisar de ajuda ou palpite sobre isso posso até te ajudar, mas não sou nenhum expert nisso não.
Um abraço!