Eu uso o Eclipse, e já vou te dizer o porquê:
Apesarde ser meio “lerdo” o trabalho escrevendo comandos (eu não uso plu-in pra editar a tela na base do mouse), com o tempo tu acabas habituado e consegue fazer um programa mais organizado.
Eu por exemplo escrevi umas classes nas quais já deixei prontos os modelos de JFrame e JINternalFrame, além de todos os outros componentes gráficos do SWING, então, eu customizei o código ao máximo (minhas clsses são todas EXTENDS das classes dos componentes originais).
Daí, para fazer a interface gráfica, eu escrevo código diretamente no Eclipse. Não é tão complicado quanto parece à primeira vista uma vez que se saiba de cabeça as coisas. Eu já acho natural visualizar a tela, como ela ficará, enquanto escrevo as coordenadas no setBounds, por exemplo.
Afinal, isso aqui é Java, não Delphi ou VB.
O problema é que tanto o NetBeans quanto o Eclipse com plug-ins geram um monte de lixo quando se faz a interface gráfica usando os editores visuais. E quando eu falo de lixo, falo de código que o programador não escrveu pessoalmente e que portanto não tem tantas condições de customizar.
Pareci meio hardcore? Talvez. Mas eu rendo bem programando sem usar ajudas gráficas (a não ser, claro, o sempre providencial help do Eclipse que ajuda a completar os comandos com aquelas listas de complementos possíveis).
Um abraço.