Bom dia douglascst90, então cara atualmente trabalho com JEE + JSF 2.0 + Hibernate e Spring, mais ja tive uma pequena experiência com PHP sem utilização de frameworks, acredito que para definir em qual linguagem será desenvolvido o sistema existem varios quesitos que precisam ser observado, tais como experiência dos profissionais que irão desenvolve-lo, arquitetura, hospedagem até porque hospedagem PHP+MySQL é mais barato, também os prazos, e principalmente o objetivo do sistema, e não apenas JAVA pelas suas vantagens ou PHP pelas suas vantagens, todos esses pontos e outros precisam ser analizados com calma!
O PHP está em forte crescimento pelo menos aqui na minha região ARARAQUARA, hoje existem otimos frameworks para facilitar seu desenvolvimento tais como CODEIGNITER, ZENDFRAMEWORK, mais na minha opinião, o PHP ainda precisa de melhoras no quesito organização, muito código PHP com código HTML, mais não posso falar muito pois não conheço a fundo, conheço mais pois aqui na empresa onde trabalho o forte e PHP e JAVA então existem varios programadores trabalhando com essa tecnologia.
Já o JAVA é uma linguagem fortemente tipada, consolidada no mercado, tem uma gama de API’s e frameworks muito grande e que possui varios concorrentes, exemplo: ICEFACES, PRIMEFACES e RITCHFACES(Lib’s de componentes que complementam o JSF) que alem de aumentar a qualidade e a quantidade de componentes para nós desenvolvedores também facilita muito o uso, com o uso do JSF a produtividade aumenta muito em relação ao JSP, além de melhorar e muito a estrutura dos códigos XHTML pois com JSF os códigos JAVA ficam em Beans, totalmente separados do XHTML proporcionando mais organização. Existem centenas de outras coisas que poderiam ser citadas por exemplo: EJB etc…
Mais como eu disse acima tudo depende do que será desenvolvido e da expêriencia dos desenvolvedores alocados ao projeto, na minha opnião eu usaria o JAVA para um sistema mais complexo, se for pra um sistema de pequeno ou médio porte ficaria com PHP+CodeIgniter.
espero ter ajudado t+