Valeu pela ajuda, eu consegui fazer ele funcionar, vou postar o codigo do meu Criador de Session Factory.
AnnotationConfiguration configuration = new AnnotationConfiguration();
configuration.setProperty("hibernate.connection.username", "root");
configuration.setProperty("hibernate.connection.password", "");
configuration.setProperty("hibernate.connection.url", "jdbc:mysql://localhost/fj28");
configuration.setProperty("hibernate.connection.driver_class", "com.mysql.jdbc.Driver");
configuration.setProperty("hibernate.dialect", "org.hibernate.dialect.MySQL5InnoDBDialect");
configuration.setProperty("hibernate.hbm2ddl.auto", "update");
configuration.setProperty("show_sql", "true");
configuration.setProperty("format_sql", "true");
configuration.setProperty("hibernate.archive.autodetection", "class, hbm");
configuration.addAnnotatedClass(Produto.class);
factory = configuration.buildSessionFactory();
Agora, sempre que eu precisar, basta mudar os valores das propriedades.
o erro acontecia por que eu estava usando o método
configuration.addClass(Produto.class);
e este método busca por um arquivo hbm.xml, já o método
configuration.addAnnotatedClass(Produto.class);
busca por uma classe anotada.
Valeu!