[RESOLVIDO] Navegação em JavaFX com FXML

public class MainApp extends Application {

	public static void main(String[] args) {
		launch(args);
	}

	@Override
	public void start(final Stage stage) throws Exception {
		Parent parent = FXMLLoader.load(getClass().getResource("main.fxml"));
		Scene scene = new Scene(parent);
		stage.setScene(scene);
		stage.show();
	}
}

public class MainController implements Initializable {

	@FXML
	private Label lbTeste;
    @FXML
    private TextField txTeste;
    @FXML
    private Button btTestar;

	@Override
	public void initialize(URL arg0, ResourceBundle arg1) {
           btTestar.setOnAction(new EventHandler<ActionEvent>() {
                  @Override
			      public void handle(ActionEvent arg0) {
				    // Ação do botão
			      }
           });
	}

}

try {
    new SegundoApp().start(new Stage());
} catch (Exception e) {
    e.printStackTrace();
}

public static Stage myStage;

/* Outros métodos... */

public void start(Stage stage) throws Exception {
    /* Outros códigos... */
    MainApp.myStage = stage;
}

MainApp.myStage.close();

// * outras linhas *
 for(int j = 0; j < quotes.size() ;)
        {
            int cont = j+3;            
            for(int i = j ; i < cont ; i++){
                if(i < quotes.size()){
                    final int p = i;
                    final CheckBox cb = CheckBoxApoio.getCheckBox(quotes.get(i).getDESCRICAO()); // CRIA A CHECKBOX COM O TEXTO AO LADO
                    cb.setOnAction(new EventHandler<ActionEvent>() {

                        // EVENTO DE DESMARCAR E MARCAR A CHECKBOX
                        @Override
                        public void handle(ActionEvent event) {
                            if(cb.isSelected()){
                            selecionados.add(quotes.get(p));
                        }else{
                            selecionados.remove(quotes.get(p));
                        }
                       }
                    });
                    GridPane.setConstraints(cb, posX, posY); // DEFINE AS POSIÇÕES DA CHECKBOX
                    posX++;
                    grid.getChildren().add(cb);
                  }                
                }
            posX = 0;
            posY++;
            j = cont;
            }
//* outras linhas *

private AnchorPane pane;

/* Demais códigos... */

for (int count = 0 ; count < 11 ; count++) {
    CheckBox chk = new CheckBox("teste" + String.valueOf(count));
    // Cria o Checkbox na posição Y conforme o "count" * a altura do componente
    // Por exemplo, 0 * 40 = 0 ; 1 * 40 = 40 ; 2 * 40 = 80, etc...
    chk.setLayoutY(count * chk.getPrefHeight()); 
    /* Demais códigos do Checkbox */
    pane.getChildren().add(chk);
}