Hello!
Também sou iniciante em java e estou desenvolvendo um aplicativo no netbeans e passei pelos mesmos problemas de você, como ja sou programador em outra linguagem e li bastante sobre projetos, metodologia, e estudar muito o Java vi que a melhor opção para desenvolver um novo projeto é fazer a velha análise de requisitos primeiro. Para saber se você está no caminho certo ou não.
E com isso aconselho você primeiro fazer toda a parte do banco de dados, fazer o máximo possivel lá, regras de negócio que você poder.
Depois defina a arquitetura/padrão de desenvolvimento, que eu aconselho MVC, depois faça toda a modelagem das classes com o banco de dados e neste caso assim como o nosso outro amigo falou, o melhor é conexão via JDBC, eu mesmo tentei via hibernate no início, mas vi que não era a hora de começar a usar JPA, então fiz com JDBC e foi muito melhor e mais fácil e bem mais didático.
Agora que você já tem um banco de dados, já tem uma classe para conexão com o banco de dados, já tem a modelagem pronta, vá para as suas telas e coloque os gettter e setter, é somente isso que sua tela deve ter no fonte.
E por final na parte do controle do MVC você faz os acessos aos bancos de dados, carrega seus modelos, atualiza sua tela e vice e versa.
Leia bastante sobre o MVC, irá ajudar muito.