Varrer o mesmo arquivo várias vezes

try {
    // Caminho completo do arquivo a ser lido
    File arquivo = new File("arquivoASerLido");
    FileReader fr = new FileReader(arquivo);
    BufferedReader br = new BufferedReader(fr);

    // Enquanto não atingir o final do arquivo continua lendo linha a linha (altere para ler várias vezes conforme sua necessidade)
    while((linha = br.readLine()) != null) {
        // Faz a separação das palavras em um Array de String conforme o separador informado, pode ser espaço, vírgula ou qualquer outra string
    	String[] texto = linha.split("separador");
    }

    fr.close();
    br.close();
} catch (Exception e) {
    e.printStackTrace();
}

public void run() { // método de execução de thread...
        while (this.isInterrupted() == false) {
            String codBinario = "";
            Simulador.txtArquivo.setText("");
            try {
                reader = new FileReader(filename);
                leitor = new BufferedReader(reader);
                while (leitor.ready()) {
                    while((codBinario = leitor.readLine()) != null) { // usei seu exemplo...
                        String[] texto = codBinario.split(" "); // caracter espaço é o separador que estou usando...
                        System.out.println("Letras: " + texto + " \n "); // apresentação no netbeans do resultado...
                        Simulador.txtArquivo.append(String.valueOf(texto) + " "); // apresentação no textArea do resultado separado por espaço (mesmos dados so println!)...
                    }
                }
                reader = new FileReader(filename);
                leitor = new BufferedReader(reader);
            } catch (IOException e) {
                e.printStackTrace();
            }
        }
        try {
            leitor.close();
            reader.close();

        } catch (IOException ex) {
            Logger.getLogger(LeArquivo.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
        }
    }

System.out.println("Letras: " + texto + " \n "); // apresentação no netbeans do resultado...

System.out.println("Letras: " + Arrays.asList(texto).toString() + " \n "); // apresentação no netbeans do resultado...

System.out.println("Letras: " + texto[0] + " \n "); // Resultado do array na posição '0'
System.out.println("Letras: " + texto[1] + " \n "); // Resultado do array na posição '1'

while (leitor.ready())
  while((codBinario = leitor.readLine()) != null) {
      String[] texto = codBinario.split(" "); // atribui a linha separada para um Array
      
      // Laço para leitura do array, veja q a variável "texto" possui a posição que será lida "[i]"
      for (int i = 0; i < texto.length; i++) {
        System.out.println("Letras: " + texto[i] + " \n "); // apresenta o resultado do array na posição "i" 
        Simulador.txtArquivo.append(String.valueOf(texto[i]) + " ");
      }

      // Outra opção para o código acima seria com o "for aprimorado" ou "for each" (particularmente prefiro utilizar for aprimorado)
      for (String s : texto) {
        System.out.println("Letras: " + s + " \n "); // apresenta o resultado do array na posição "i" 
        Simulador.txtArquivo.append(String.valueOf(s) + " ");
      }
    }
}

public void run() {
        while (this.isInterrupted() == false) {
            String codBinario = "";
            Simulador.txtArquivo.setText("");
            try {
                reader = new FileReader(filename);
                leitor = new BufferedReader(reader);
                
                //trecho de codigo sugerido pelo fabiocortolan no site do GUJ
                while (leitor.ready()) {
                    while ((codBinario = leitor.readLine()) != null) {
                        String[] texto = codBinario.split(" "); // atribui a linha separada para um Array.
                        // Opção para o código com o "for aprimorado" ou "for each".
                        for (String s : texto) {
                            System.out.println("Letras: " + s); // apresenta o resultado do array.
                            Simulador.txtArquivo.append(String.valueOf(s) + " "); // exibe no textArea o resultado do array.
                        }
                    }
                }
                
                reader = new FileReader(filename);
                leitor = new BufferedReader(reader);
            } catch (IOException e) {
                e.printStackTrace();
            }
        }
        try {
            leitor.close();
            reader.close();

        } catch (IOException ex) {
            Logger.getLogger(LeArquivo.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
        }
    }