Arquivo Discussoes de Programacao e Tecnologia Pessoal, encontrei um post sobre esse fato que eu estou re-postando.
http://www.guj.com.br/posts/list/89501.java
Mas sem solução. Estou passando pelo mesmo problema: quando tento executar a aplicação no modo debug, aparece uma mensagem “Source not Found” e o botão “Edit source Lookup Path”.
Não estou usando o Tomcat na minha aplicação e nenhum outro tipo de framework. Apenas código JAVA puro.
Alguém sabe como resolver!?
Valeu
Clica no botão “Edit source Lookup Path” e vai aparecer uma janela com seus projetos, aí é só indicar o projeto correspondente que ele funciona.
Flw! :thumbup:
Cara, já fiz isso mais ainda não funciona!!!
Valeu de qualquer jeito 
Bom, eu ja tive uma experiência parecida, qdo usava EJB e o Service Locator na hora de localizar o serviço, trazia somente a referencia do Proxy, logo não achava o fonte.
O problema era o nome da classe de serviço que estava errado, fazendo com que o lookup não funcionasse.
Ajustado o nome do EJB, que estava fora do padrao do Locator, funcionou o debug novamente para aquela classe.
Se vc tem uma referência correta da classe e se não esta ocorrendo de ele estar usando a classe de alguma biblioteca em vez da sua, pode ser algo assim.
Entendi. Eu verifiquei e aparentemente está com o nome correto e não têm nenhum tipo de conflito de uso de bibliotecas que não seja as minhas. Bom, vou persistir aqui e qualquer coisa eu volto a postar.
Apenas comentando que a aplicação executa normalmente, poré, quando precio debugar ele não roda. No pior das hipóteses eu coloco uns “System.out…” para ver os meus resultados. Claro que isso até enquanto eu não baixar de novo o Eclipse.
Valeu pelas dicas!!
Recentemente tive esse problema, ocorreu porque eu subia o servidor e fazia o deploy com o ant, que criava o arquivo no local apropriado. Como a anta que criou o projeto não criou um projeto web (não me pergunte porque), eu ficava impossibilitado de acompanhar o processo com o debug. Mas só fazendo isso que indiquei já resolveu.
Clica no botão “Edit source Lookup Path” e vai aparecer uma janela com seus projetos, aí é só indicar o projeto correspondente que ele funciona.Flw! :thumbup:
Comigo funcionou Juliano, obrigado, cliquei no botao setei o pacote onde estavao meus fontes e tcharammmm 
oi eu arrumei o meu problema ajustando o .classpath, pois aqui trabalhamos com o git e eu tinha alterado o classpath aí dava pau na hora do debbug [o projeto na verdade não precisa ser web]