Cara meio dificil de entender… Mas sim, tem como usar o java como back-end em um projeto Flex, eu consegui;
Mas vamos lá vou passar a forma que usei para “subir” meu projeto para um servidor externo;
1 - Se estiver usando o Eclipse como IDE verifique se está na perspectiva Flash
2 - Estando na perspectiva Flash, no menu superior(eclipse) escolha a opção Project, e o sub-menu Export Build Release, ele irá criar mais um diretorio no seu projeto;
3 - Em seguida clique com o botão direito em cima do projeto, escolha o sub-menu Export, exporte-o como War, que pode ser escolhido na pasta Web.
4 - isso irá gerar o nomeDoProjeto.war
5 - Entre no tomcat-manager, e escolha o arquivo war que ainda está local, assim que selecionado clique em deploy
E já estará pronto… a proposito, usamos aqui a CentralServer que já nos dá suporte ao Tomcat, então teoricamente já deverá funcionar;
Algumas coisas tem que ser verificadas;
se usa o hibernate, no hibernate.cfg.xml deverá configurar a property connection.url, para o seu endereço por exemplo:
jdbc.mysql://enderecoDaAplicação/nomeDaBase;
Não sei se te ajuda, mas esses simples passos deram certo aqui;
Qualquer coisa estamos ae para ajudar;
sobre o End-Point ele já vem pré configurado, e não será necessario configurar, por via das duvidas caso queira conferir, ele se encontra no services-config.xml, no pacote gerado pelo blazeDS;