Oi,
Você precisa saber como o Windows funciona. Quando você dá um duplo-clique em qualquer aplicativo (.exe, doc, pdf, wma, etc…) o Windows Explorer vai até seus Registros e acha uma associação da extensão do arquivo com o tipo do arquivo. No caso de um arquivo com extensão .jar, ele encontrará a associação jarfile.
Após isso, ele pegará o tipo do arquivo e rodará o comando associado a ele. Neste caso, seria um javaw.exe que está presente na sua pasta bin do seu JRE. Ou seja, se você estiver com o CLASS_PATH no Windows configurado corretamente, o seu .jar poderá ser executado via DUPLO CLICK.
Mesmo assim, eu recomendo sempre utilizar um shortcurt. Pq? Porque rodar aplicações por duplo click só funcionam para aplicação que usam pouca memória, que não precisam de parâmetros… Ou seja, aplicações que não necessitam de nenhuma configuração especial.
Rodando por um arquivo .BAT por exemplo, pode-se especificar todo e qualquer tipo de informação.
Um exemplo simples:
Dentro do meu .BAT (atalho), tenho as seguintes instruções: -Xms256m -Xmx1G. Neste caso, estou já pré-definindo a memória que deverá ser alocada pela aplicação Server.jar que deverá utilizar o banco de dados instalado na maquina de ip 192.168.2.25.
Tendeu?
Tchauzin!