Manipulacao de Objetos

Sua pergunta ficou meio confusa…
Qualquer método da classe que foi utilizada para criar o objeto pode “manipulá-lo”, sendo que se o método for static ele vai ser aplicado “à classe”, portanto refletindo em todos os objetos, e caso contrário só ao objeto a partir do qual foi chamado o método.

Em Java nao existem funcoes, mas sim metodos.

Se voce quiser manipular algum objeto instanciado dentro de um metodo X em outras partes da classe, tal objeto devera ser declarado como private/protected/public .

Rafael

Estando dentro da mesma classe não vai afetar muito qual é o modificador de acesso da variável referente ao objeto... o que importa mesmo é declará-la fora do escopo do método (agora entendi a pergunta).
Ex.:

public class teste {
Object objeto; // declara a variável aqui

public void metodo1() {
objeto = new Object(); // instancia neste método
}

public void metodo2() {
objeto.toString(); // utiliza em qualquer método (cuidado para não aplicar o método com a variável ainda null)
}

}