Queries em Java qual a recomendação?

Depende. Criteria ajuda a criar abstrações, mas definir como melhor cenário é muito relativo. Por exemplo, com spring-data, já tem disponível uma interface com as operações CRUD para usar, o que faz desnecessário o uso de criteria.

Claro! Há casos onde usar JDBC diretamente por ser melhor do que usar JPA, por exemplo. Uma vez que JPA coloca mais complexidade devido ao mepeamento e tudo o mais. Já trabalhei em sistemas onde preferi usar JDBC do JPA e o resultado foi muito bom.

Acho que vai depender muito do framework que vc estiver usando.

Como dito acima, criteria ajuda bem para criar abstrações.