Olha, varia muito.
Eu já trabalhei como PJ, CLT, Cooperado e Estagiário (rsrs).
E, no meu caso, o mais vantajoso foi o CLT (a forma que estou trabalhando hoje), porque:
Aqui na minha empresa não descontam VR e o VT cai em dinheiro na conta (também sem desconto).
E ainda tenho Plr, 13º, Férias, FGTS e etc.
Fora que não gasto com Plano de saúde e odontológico (também não são descontados)
Se eu fosse conseguir um trabalho como PJ, teria que pedir no mínimo 100% a mais do que ganho hoje para ficar com o mesmo salário, porque tería que pagar:
Contador, impostos (mensais e trimestrais), alimentação, transporte e teria que ficar me policiando para não gastar todo o dinheiro para poder tirar férias e ter um pé-de-meia para eventuais emergências (ficar doente, ser ‘demitido’ e etc).
Mas, também já trabalhei em empresas CLT que não tinham nenhum benefício (a não ser os obrigatórios), e neste caso não precisaria de 100%, mas creio que a partir de 50% de aumento eu já consideraría trabalhar como PJ.
No fim das contas:
Se quer dinheiro Rápido -> PJ ou Cooperado.
Se quer tranquilidade -> CLT.
Enfim, tudo depende. Faça as suas contas 
