Não ficou como eu queria, mas consegui assim:
Utilizando o Is Tool apos criar o scrip com o Inno Setup, adicione este codigo. Existe a opção codigo se preferir, nesta apresenta um editor de codigo para este trecho do script.
function InitializeSetup(): Boolean;
begin
if RegKeyExists(HKEY_LOCAL_MACHINE, 'SOFTWARE\JavaSoft\Java Runtime Environment') then
begin
Result := false;
end
else
MsgBox('É necessário instalar Java Runtime Environment',mbInformation, MB_OK );
Result := true;
end;
Esse codigo verifica a existencia do registro de JRE, caso encontre retorna false, não ha nenhum impedimento e a instalação segue
senão retorna true, existe problema porque nao encontrou e encerra a instalação.
Ponto negativo dessa abordagem é que so funciona no windows. Mas se alguem souber como verificar no Linux e outras plataformas também entao fique a vontade para contribuir 
Sobre a instalação silenciosa, encontrei a solução neste post aqui no GUJ:
http://www.guj.com.br/java/245857-istool—instalao-silenciosa-jre–jmf–postgre
Então…Obrigado! Sempre encontro o que preciso (Java) aqui no forum 